本館典藏主題多樣、內容豐富，自民國87年10月25日開館至今，已逐步將本館藏品逾3萬件，諸如史料文獻、照片影像、漆器、織品、金工及皮影戲偶等進行數位化與研究詮釋，建置資料於系統以利民眾查詢運用。

自106年本館改制行政法人，重新研擬制定典藏政策與相關執行規範，包括審議諮詢、藏品之取得、登錄、取用、借出入、盤點、保存維護、註銷、典藏圖像資料使用、藏品庫房管理等作業要點。透過建立典藏管理制度，系統性地充實本館藏品，明確發展方針，確認其永續使用上的周延安全。

本館藏品借展以非營利性質為限，詳情請參考「藏品借展作業要點」。典藏圖像之授權使用，將依據用途區分為營利及非營利目的收取資料使用費，詳情請參考「典藏圖像使用收費基準」。